Wiek XVII
Obok sporów na tle ekonomicznym i konfesyjnym na funkcjonowanie cerkwi w Radrużu w pierwszym stuleciu jej istnienia największy wpływ miały zagrożenia związane z toczącymi się ówcześnie wojnami. Szczególnie dokuczliwe okazały się najazdy tatarskie. Te ostatnie powtarzały się kilkakrotnie i objęły Radruż kolejno w 1621, 1626 i 1629 roku. Później nastąpił okres kilkunastoletniego pokoju, w którym cerkiew wzbogaciła się o nowe elementy wystroju, w tym carskie wrota w ikonostasie, ikonę patronalną św. Paraskewy oraz drukowane księgi liturgiczne. Te ostatnie częściowo fundowane były przez wspomniany wcześniej ród Dubniewiczów.
Począwszy od 1648 roku nastąpił ponad dwudziestoletni okres wojen i związanych z nimi pochodów wojsk własnych i obcych, w tym kozackich, moskiewskich, szwedzkich, siedmiogrodzkich. Końcowym akordem tego wojennego czasu był rok 1672. Radruż stał się wówczas areną walk podczas słynnej „wyprawy na czambuły tatarskie” hetmana wielkiego koronnego Jana Sobieskiego, przyszłego króla. Dokładnie 7 października wspomnianego roku, na polach między Radrużem a Niemirowem rozegrała się bitwa, w której wojska polskie całkowicie rozbiły duży czambuł Tatarów dowodzony przez sołtana Azameta Gereja. W czasie tych wydarzeń w jasyr dostała się Maria, żona Eliasza Dubniewicza, wójta radrużańskiego. Branka tatarska z Radruża zdołała przeżyć i po 27 latach niewoli, w 1699 roku, powróciła do rodzinnej wsi. O jej niezwykłych losach opowiada zachowana w źródłach cerkiewnych relacja zatytułowana: „Krótka historya o Kobicie z więzienia Tatarów przybyłej”, wzbogacona przez lokalną tradycję ustną.
Cerkiew szczęśliwie przetrwała zagrożenia wojenne. Czy podczas najazdów pełniła funkcje obronne, chroniąc życie i mienie mieszkańców wsi, tego materiały źródłowe nie potwierdzają. Położenie świątyni, jej monumentalna sylwetka, a także położona w sąsiedztwie dzwonnica o cechach obronnych, nie wykluczają pełnienia przez nią funkcji chłopskiej warowni na czas zagrożenia tatarskiego. Miejscowa tradycja wspomina nawet o istniejących jeszcze do niedawna na drzwiach wejściowych do świątyni śladach uderzeń toporów, którymi Tatarzy próbowali dostać się do wnętrza cerkwi.
Po okresie wojen król Jan III Sobieski odnowił fundację miejscowej parafii ruskiej. W dokumencie wydanym 12 lutego 1682 w Jaworowie, król przyznał kapłanowi dwie ćwierci pola, niwę, łąki oraz wszystkie wolności. Nie można wykluczyć, iż również cerkiew została w tym czasie odnowiona. Może na to wskazywać tzw. „skarb radrużański”, czyli dziesięć szelągów koronnych i litewskich z 1665 roku, które zostały odnalezione pod jedną z podwalin. Można przypuszczać, że zostały tam umieszczone podczas remontu świątyni (obecnie monety przechowywane są w zbiorach Muzeum Kresów w Lubaczowie).
O odnowieniu świątyni w końcu XVII wieku wskazuje także miejscowa tradycja, która przywołuje postać wspomnianej poprzednio Marii Dubniewiczowiej. Po powrocie z niewoli, w podzięce za uratowanie życia dawna branka tatarska miała przyczynić się do wyremontowania świątyni oraz zakupić do jej wnętrza złocony ikonostas. Rzeczywiście, w 1699 roku, czyli w okresie powrotu tatarskiej branki, trafił do cerkwi monumentalny trymorfon, czyli przedstawienie tronującego Chrystusa, któremu towarzyszy Matka Boża i św. Jan Chrzciciel. Fundatorem tej ikony, zgodnie z napisem fundacyjnym, jest jednak nie Maria Dubniewiczowa a „rab boży Andrzej Doskocz”, zapewne również mieszkaniec Radruża.
Niezależnie od tego Dubniewiczowie odnotowani są również w dziejach cerkwi końca XVII wieku. Według napisu na nadprożu południowego otworu drzwiowego właśnie w 1699 roku zmarł Wasyl Dubniewicz, najprawdopodobniej ojciec wójta Eliasza. Kilkanaście lat wcześniej, w 1682 roku odeszła z tego świata Katarzyna Dubniewiczowa, spoczywająca pod kamienną płytą nagrobną przy wschodniej ścianie sanktuarium cerkwi. Ród Dubniewiczów, niewątpliwie związany z dziejami cerkwi, w swej gałęzi polskiej i ukraińskiej, przetrwał w okolicach Lubaczowa i Lwowa do dnia dzisiejszego.