Lubaczowskie muzeum zrodziło się z pasji kolekcjonerskiej Włodzimierza Czerneckiego, zasłużonego społecznika i pedagoga lubaczowskiego. Działalność zbieracką zapoczątkował już w latach 30. XX w. Niestety zaczątki kolekcji utracił w czasie wojny, stąd też w latach 50. i 60. XX wieku rozpoczął na nowo gromadzenie zabytków związanych z szeroko pojętą historią i kulturą materialną regionu. Na bazie tych zbiorów, Czernecki i skupiona wokół niego grupa działaczy społeczno-kulturalnych, rozpoczęła starania o utworzenie muzeum. Powstało ono w 1958 roku i początkowo funkcjonowało pod nazwą Społeczne Muzeum Regionalne w Lubaczowie. Włodzimierz Czernecki, jako dyrektor miejscowego Liceum Ogólnokształcącego, założyciel i pierwszy kustosz muzeum, eksponował zbiory na wystawie w swojej placówce. W 1961 roku, w okresie obchodów 750-lecia Lubaczowa, władze miasta przeznaczyły na pomieszczenie kolekcji kamieniczkę mieszczańską przy ul. Mickiewicza. Od samego początku muzeum, jako instytucja społeczna, borykało się z dużymi trudnościami. Dlatego też z inicjatywy powstałego 1965 roku Towarzystwa Miłośników Ziemi Lubaczowskiej, postanowiono przekazać Muzeum pod zarząd Oddziału Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego. Stało się to w 1967 roku. Od tego czasu zaczęło rozpoczęło swe istnienie Muzeum Regionalne PTTK w Lubaczowie. Na stanowisko kustosza powołany został Zygmunt Kubrak, nauczyciel historii w LO w Lubaczowie, badacz dziejów Lubaczowa i ziemi lubaczowskiej, bliski współpracownik Włodzimierza Czerneckiego. W 1972 roku Zygmunt Kubrak objął funkcję kierownika Muzeum Regionalnego PTTK w Lubaczowie, nadał mu profil działalności i w głównej mierze przyczynił się do dalszego rozwoju placówki. Od początku lat 70. XX wieku rozpoczęły się starania o upaństwowienie Muzeum, które nasiliły się z chwilą objęcia przez Zygmunta Kubraka funkcji Prezesa Zarządu Oddziału PTTK. Działacze zaangażowani w tworzenie Muzeum, wspierani m. in. przez Antoniego Kunysza, dyrektora Muzeum Okręgowego w Przemyślu, zdawali sobie sprawę, że dalszy rozwój tej instytucji oraz realizacja podstawowych zadań statutowych, nie jest możliwa bez mecenatu państwowego. Ostatecznie, po uzgodnieniach z Ministrem Kultury i Sztuki oraz Zarządem Głównym PTTK, na podstawie decyzji Wojewody Przemyskiego z dniem 1 września 1981 roku dotychczasowe społeczne Muzeum PTTK stało się placówką państwową. Pierwszym etatowym kustoszem i dyrektorem placówki działającej od tej pory pod nazwą: Muzeum w Lubaczowie, został dr Zygmunt Kubrak. Decyzja ta była przełomowym momentem w dziejach tej instytucji.
W 1984 roku lubaczowska placówka muzealna otrzymała statut określający podstawowe cele i formy działalności. Zgodnie z jego brzmieniem Muzeum stało się placówką oświatową i naukowo-badawczą, która „gromadzi, przechowuje, konserwuje i udostępnia dobra kultury w zakresie archeologii, historii, sztuki - z uwzględnieniem współczesnego rysunku artystycznego oraz sztuki Kresów, etnografii, prowadzi badania naukowe i działalność oświatową w zakresie wymienionych dyscyplin”. Terenem działalności muzeum stał się przede wszystkim obszar „Ziemi Lubaczowskiej”. Początkowo kolekcja miała więc przede wszystkim charakter regionalny, dokumentowała dzieje regionu lubaczowskiego, zawierała zabytki archeologiczne, historyczne, etnograficzne i artystyczne. Z upływem czas u przybywało zbiorów, głównie dzięki nauczycielom, młodzieży, także dzięki takim instytucjom, jak prokuratura, milicja. W tworzeniu Muzeum ma swój udział także Marian Kopf, artysta malarz pochodzący z Lubaczowa, który przekazał nieodpłatnie kilkadziesiąt prac, głównie akwareli i rysunków. Dało to początek kolekcji współczesnego rysunku artystycznego, która z czasem otrzymała charakter zbiorów ogólnopolskich.
Od początku swej działalności placówka muzealna, dysponując jeszcze skromnymi zbiorami rozpoczęła działalność wystawienniczą, głównie z własnych zbiorów. Tym samym spłacała dług wdzięczności wobec licznych ofiarodawców, a także mobilizowała społeczność do dalszych darowizn na rzecz muzeum. W latach 1968-1976 muzeum zorganizowało 23 wystawy czasowe, które zwiedziło ponad 11 tys. osób. Od 1982 roku muzeum powiększało swoje zbiory poprzez systematyczne zakupy muzealiów, a także zapoczątkowało tworzenie specjalistycznej biblioteki naukowej. Placówka muzealna doczekała się również godnej dla siebie siedziby. W 1986 roku jej zbiory zostały przeniesione do zabytkowego podworskiego spichlerza z początku XIX wieku. Otwarcie stałych wystaw w nowej siedzibie muzeum miało miejsce 25 września 1987 roku. W uroczystości uczestniczyli przedstawiciele Ministerstwa Kultury i Sztuki, władz wojewódzkich, działacze kultury i twórcy. Przecięcia wstęgi dokonała wiceminister Krystyna Marszałek-Młyńczak, która też w okolicznościowym wystąpieniu podkreśliła znaczenie nowej placówki muzealnej dla życia kulturalnego miasta i województwa. W czasie uroczystości wyróżniający się pracownicy muzeum zostali uhonorowani odznaczeniami państwowymi, resortowymi i wojewódzkimi. Do dyspozycji zwiedzających oddano 3 sale dla wystaw stałych oraz 2 sale wystaw czasowych i bibliotekę z naukowym księgozbiorem. Wystawy stale obejmują dzieje miasta i regionu, kulturę materialną wsi lubaczowskiej i sztukę Kresów. Na bazie posiadanej i stale rozwijanej kolekcji rysunku artystycznego podjęto się organizacji cyklicznego konkursu pod nazwą: „Triennale Polskiego Rysunku Współczesnego”. Pierwsza edycja triennale, która spotkała się z dużym zainteresowaniem artystów polskich, odbyła się w 1993 roku. W 1994 roku muzeum objęło w posiadanie zabytkowy zespół zamkowo-parkowy, a w 1998 roku przyległy do niego teren podworski. Niemal od początku przystąpiono do żmudnych prac nad rekonstrukcją dawnego parku krajobrazowego i remontu budynku podworskiego. Wówczas też postała idea utworzenia na terenie dawnego zespołu dworskiego Centrum Kultury Pogranicza z ekspozycją skansenowską pod nazwą Park Historyczno-Etnograficzny „Przygródek – wspólnota kultur”. Projekt został wyróżniony w konkursie „Tradycja dla przyszłości”, organizowany cyklicznie przez Fundację Kultury w Warszawie (2004r.). Od momentu powołania muzeum organem założycielskim był Wojewoda Przemyski. W związku ze zmianami podziału administracyjnego kraju w 1999 roku muzeum zostało przekazane samorządowi powiatu lubaczowskiego. W 2004 roku w dziejach lubaczowskiej placówki muzealnej dokonała się istotna zmiana: muzeum otrzymało znowelizowany statut nadający instytucji nową nazwę Muzeum Kresów w Lubaczowie. Było to ukoronowaniem wieloletniej działalności muzeum na rzecz dziedzictwa kulturowego Kresów. Na początku 2005 roku, po przejściu na emeryturę dr Zygmunta Kubraka, dyrektorem Muzeum Kresów w Lubaczowie został Stanisław Piotr Makara, historyk sztuki, dotychczasowy opiekun działu artystycznego muzeum. Kontynuując dotychczasową działalność w zakresie ochrony i promocji kultury Kresów, lubaczowskie muzeum weszło w nowy etap swego istnienia. Muzeum Kresów w Lubaczowie stało się miejscem obfitującym w różnorodne wydarzenia artystyczne. Do Lubaczowa zostały sprowadzone wystawy twórczości artystów najwyższej rangi, jak Leon Wyczółkowski, Jacek Malczewski, czy Wojciech Kossak. Odbyły się kolejne edycje „Triennale Polskiego Rysunku Współczesnego” (edycja V w 2005r. i VI w 2008r.), a także prezentacje sztuki znanych lubaczowskich artystów. Dużym wyzwaniem była wystawa prezentująca powstałe pod Lubaczowem cenne dzieła polskiego rzemiosła artystycznego – barokowe szkła z Huty Kryształowej (2006r.). W 2006 roku Muzeum rozpoczęło działalność na forum międzynarodowym. W ciągu trzech lat, we współpracy z instytucjami kultury sześciu krajów Unii Europejskiej: Bułgarią, Francją, Grecją, Węgrami, Włochami i Szwecją, lubaczowskie muzeum realizowało prestiżowy projekt Cult Rural, współfinansowanego przez Komisję Europejską w ramach programu „Kultura 2000”. W ramach Cult Rural przeprowadzono międzynarodowe badania, opracowano wydawnictwa i przygotowano wspólne wystawy. Pierwsza z nich otwarta została w maju 2008 roku w „Galerii Oficyna” przy Muzeum Kresów w Lubaczowie. Działalność Muzeum Kresów w Lubaczowie widoczna jest również na polu wydawniczym. W 2006 roku zapoczątkowane zostały dwie serie publikacji: „Biblioteka Muzeum Kresów w Lubaczowie” (periodyk naukowy) i „Kresowe Dziedzictwo” (album fotograficzny). W ramach działalności oświatowej pracownicy Muzeum podjęli się organizacji cyklicznych warsztatów dla dzieci i młodzieży ze szkół powiatu lubaczowskiego. Różnorodność tematyczna i atrakcyjność tej formy pracy edukacyjnej cieszy się niesłabnącym zainteresowaniem uczniów i nauczycieli. W ostatnich latach sukcesywnie wzrast a też liczba muzealiów, rozwijane są specjalistyczne kolekcje. Mimo wielu wyzwań, jakie stawia w obecnych czasach kolekcjonerstwo, zbiory Muzeum Kresów w Lubaczowie rosną i stają się coraz bardziej atrakcyjne. W 2009r. zgodnie z najnowszymi wymogami rozpoczęto proces digitalizacji zbiorów. Pozwoli to w niedalekiej przyszłości włączyć lubaczowską kolekcję do krajowego i światowego systemu ewidencjonowania dóbr kultury. Jednocześnie Muzeum prowadzi intensywną działalność inwestycyjną. Dzięki środkom pozyskiwanym z programów Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego sukcesywnie prowadzone są prace konserwatorskie przy zabytkowych obiektach należących do dziedzictwa kresowego. Opierając się na funduszach europejskich w 2005 roku oddano do użytku budynek „Galerii Oficyna”, położony w obrębie Zespołu Zamkowo-Parkowego. Obiekt ten, pełniąc funkcje konferencyjno-wystawiennicze, stał się ważnym miejscem na kulturalnej mapie Lubaczowa i powiatu lubaczowskiego. Opracowane zostały również projekty remontu i przebudowy głównego gmachu, rozbudowy zaplecza magazynowego oraz budowy ekspozycji skansenowskiej (Park Historyczno-Etnograficzny „Przygródek”). W ramach przygotowań do tej ostatniej inwestycji na terenie dawnego podgrodzia rozpoczęte zostały badania archeologiczne, które przyniosły szereg interesujących odkryć. Kontynuacja dotychczasowej działalności i rozszerzenie form aktywności Muzeum Kresów w Lubaczowie pozwoli zintensyfikować działalność w zakresie dokumentowania i popularyzacji kultury kresowej. Przyczyni się również do wzrostu znaczenia powiatu lubaczowskiego nie tylko na kulturalnej mapie województwa i kraju, ale także na arenie międzynarodowej.
